Bacteriile patogene sunt acele bacterii care produc diferite boli la oameni la animale sau la plante.

Escherichia coli, o bacterie care poate cauza atât infecții urinare, cât și infecții digestive

Exemple: Mycobacterium tuberculosis care provoacă tuberculoza, Clostridium tetani generează tetanosul, Corynebacterium diphtheriae produce difteria, Treponema pallidum care este agentul cauzator al sifilisului, Mycobacterium leprae și Mycobacterium lepromatosis cauzează lepra.