Format:Infocaseta Biodatabase/doc

Aceasta este pagina de documentație pentru Format:Infocaseta Biodatabase.
Pagina descrie modul de folosire al formatului și conține categoriile de care acesta aparține, precum și orice altceva ce nu face parte din formatul propriu-zis.

Utilizează Lua:

Infobox used to describe a Biological database. For each database we want to know if the database is still in use, if a web service or a sql access is available, if it is specific to a given organism, etc...

Please, don't forget to add Category:Biological databases at the bottom of the article.

Fields

Content

title: title e.g. FusariumDB
description:short description e.g.: Cyber infrastructure for Fusarium
scope: Could be one of : Nucleotide Sequence, RNA sequence, Protein sequence, Structure, Genomics (non-vertebrate), Metabolic and Signaling Pathways, Human and other Vertebrate Genomes, Human Genes and Diseases, Microarray Data and other Gene Expression, Proteomics Resources, Other Molecular Biology, Organelle, Plant, Immunological...
organism: one or more organisms specific to this database

Contact

center or centre: the research center. e.g. NCBI
laboratory: the laboratory
author: the author(s) of this database
citation: the primary citation for an article describing the database (alternatively use pmid= for the PubMed ID, but don't use both)
pmid: PMID for an article describing the database (alternatively use citation=, but don't use both)
released: release date

Access

standard: MIs, Data formats, Terminologies
format: Data formats
sql: if the database is available as a public SQL server (could be a URL pointing to the documentation )
webservice: if there is a web service for this database (could be a URL pointing to a WSDL file.
sparql: sparql endpoint(s) if any
download: download area, FTP site...

Tools

webapp: Web application(s)
standalone: Standalone tool(s)

Misc.

versioning: Versioning policy/ access to historical files
license: license for the data.
frequency: Data release frequency
curation: Curation policy
version: release version
bookmark: Can you bookmark the entity in this database (http GET method)

Model

{{Infobox biodatabase
|title       = 
|logo        = 
|description = 
|scope       = 
|organism    = 
|center      = 
|laboratory  = 
|author      = 
|citation    = 
|released    = 
|standard    = 
|format      = 
|url         = 
|download    = 
|webservice  = 
|sql         = 
|sparql      = 
|webapp      = 
|standalone  = 
|license     = 
|versioning  = 
|frequency   = 
|curation    = 
|bookmark    = 
|version     = 
}}

Example

Format:Infobox biodatabase

{{Infobox biodatabase
| title = [[GenBank]]
| author =
| center = [[National Center for Biotechnology Information|NCBI]]
| organism = all
| description = GenBank, the NIH genetic sequence database
| scope = Nucleotide Sequence, Protein sequence
| url = [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ NCBI]
| download = [ftp://ftp.ncbi.nih.gov/ ncbi ftp]
| webservice = [http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/ eutils]<br/>
               [http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/soap/v2.0/eutils.wsdl soap]
| license = Public domain-US Government
| pmid = 21071399
| logo = [[File:US-NLM-NCBI-Logo.svg|60px]]
| standalone=[[BLAST]]
| webapp=[[BLAST]]
| format= [[XML]]<br/>[[ASN.1]]<br/>Genbank format
| bookmark=yes
}}

Quick generation with XSLT

The following XSLT stylesheet https://gist.github.com/768553 can be used to generate a stub from a PubMed article.

Example with xsltproc

$ xsltproc --novalid \
>     pubmed4biodb.xsl \
>     "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=19846593&retmode=xml"

{{infobox_biodatabase
|title = REBASE--a database for DNA restriction and modification: enzymes, genes and genomes.
|logo =[[File:Database.png]]
|description = REBASE--a database for DNA restriction and modification: enzymes, genes and genomes.
|scope =
|organism =
|center =
|laboratory = New England Biolabs, Inc, 240 County Road, Ipswich, MA 01938, USA.
|author = Richard J Roberts
|pmid = 19846593
(...)

Tracking categories

Format de bază

Codul formatului, schematic, punând în evidență cei mai utilizați parametri.

Parametri

Descrierea completă a tuturor parametrilor, în cazul în care formatul are parametri.

Mod de folosire

Dacă trebuie urmați anumiți pași pentru a utiliza formatul, explicați procedura.

Exemple

Dați câteva exemple ale modului de folosire, folosind cod și exemple.

Codul exemplului 1

Format:Formatul care demonstrează exemplul 1

Codul exemplului 2

Format:Formatul care demonstrează exemplul 2

Detalii tehnice

Dacă formatul este mai complex, puteți da detalii despre modul în care este construit. Acestea pot fi utile utilizatorilor care vor să îmbunătățească formatul.

Vezi și

legături
spre alte
formate
sau pagini