Lista software-urilor de analiză filogenetică
articol-listă în cadrul unui proiect Wikimedia
Această listă de software-uri de analiză filogenetică este o compilație de software-uri de filogenetică computațională utilizată pentru a produce arbori filogenetici . Astfel de instrumente sunt utilizate în mod obișnuit în genomica comparativă, cladistică și bioinformatică . Metodele de estimare a filogeniilor includ metode de îmbinare a vecinilor, parcimonie maximă (denumită și simplu parcimonie), UPGMA, inferență filogenetică bayesiană, probabilitate maximă și metode matrice de distanță.
Listă
modificare| Name | Description | Methods | Author |
|---|---|---|---|
| ADMIXTOOLS[1] | Pachet din R care conține programele qpGraph, qpAdm, qpWave și qpDstat | Nick Patterson and David Reich | |
| AncesTree[2] | Un algoritm pentru reconstrucția arborelui clonal din date de secvențiere a cancerului cu mai multe eșantioane. | Maximum Likelihood, Integer Linear Programming (ILP) | M. El-Kebir, L. Oesper, H. Acheson-Field, and B. J. Raphael |
| AliGROOVE[3] | Vizualizarea divergenței secvențelor eterogene în cadrul aliniilor de secvențe multiple și detectarea suportului ramificat umflat | Identificarea taxonilor unici care prezintă asemănare de secvență predominant randomizată în comparație cu alți taxoni într-o aliniere a secvenței multiple și evaluarea fiabilității suportului nodului într-o topologie dată | Patrick Kück, Sandra A Meid, Christian Groß, Bernhard Misof, Johann Wolfgang Wägele. |
| ape[4] | Pachet din R-Project pentru analiza filogeneticii și evoluției | Oferă o mare varietate de funcții filogenetice | Maintainer: Emmanuel Paradis |
| BayesPhylogenies[5] | Inferența bayesiană a copacilor folosind metodele Monte Carlo ale lanțului Markov | Inferență bayesiană, modele multiple, model mixt (auto-partiționare) | M. Pagel, A. Meade |
| BayesTraits[6] | Analizează evoluția trăsăturilor între grupurile de specii pentru care este disponibilă o filogenie sau o probă de filogenie | Analiza trăsăturilor | M. Pagel, A. Meade |
| BEAST[7] | Arbori de eșantionare de analiză evolutivă bayesiană | Inferență bayesiană, ceas molecular relaxat, istorie demografică | A. J. Drummond, M. A. Suchard, D Xie & A. Rambaut |
| Geneious | Geneious oferă instrumente de cercetare a genomului și proteomului | Neighbor-joining, UPGMA, MrBayes plugin, PHYML plugin, RAxML plugin, FastTree plugin, GARLi plugin, PAUP* Plugin | A. J. Drummond, M.Suchard, V.Lefort et al. |
| MEGA | Analiza genetică evolutivă moleculară | Distanță, parcimonie și metode de probabilitate maximă compusă | Tamura K, Dudley J, Nei M & Kumar S |
| MrBayes | Estimarea probabilității posterioară | Inferență bayesiană | J. Huelsenbeck, et al.[8] |
| phangorn[9] | Un pachet din R; Analiză filogenetică | ML, MP, matrice de distanțe, bootstrap, rețele filogenetice, bootstrap, selecție model, SH-test, SHOW-test | Maintainer: K. Schliep |
| Phybase[10] | un pachet R pentru analiza arborilor filogenetici | funcții filogenetice, STAR, NJst, STEAC, maxtree etc | L. Liu & L. Yu |
Note
modificare- ^ „Ancient admixture in human history”. Genetics. 192 (3): 1065–93. noiembrie 2012. doi:10.1534/genetics.112.145037. PMC 3522152
. PMID 22960212.
- ^ „Reconstruction of clonal trees and tumor composition from multi-sample sequencing data”. Bioinformatics. 31 (12): i62–70. iunie 2015. doi:10.1093/bioinformatics/btv261. PMC 4542783 . PMID 26072510.
- ^ „AliGROOVE--visualization of heterogeneous sequence divergence within multiple sequence alignments and detection of inflated branch support”. BMC Bioinformatics. 15 (1): 294. august 2014. doi:10.1186/1471-2105-15-294. PMC 4167143 . PMID 25176556.
- ^ „APE: Analyses of Phylogenetics and Evolution in R language”. Bioinformatics. Oxford, England. 20 (2): 289–90. ianuarie 2004. doi:10.1093/bioinformatics/btg412. PMID 14734327.
- ^ BayesPhylogenies 1.0. Software distributed by the authors.,
- ^ „BayesTraits. Computer program and documentation”. . pp. 1216–23.[nefuncțională – arhivă]
- ^ „Bayesian phylogenetics with BEAUti and the BEAST 1.7”. Molecular Biology and Evolution. 29 (8): 1969–1973. . doi:10.1093/molbev/mss075. PMC 3408070 . PMID 22367748.
- ^ Huelsenbeck, J. P.; Ronquist, F. (august 2001). „MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic trees”. Bioinformatics. 17 (8): 754–755. doi:10.1093/bioinformatics/17.8.754. ISSN 1367-4803. PMID 11524383.
- ^ „phangorn: phylogenetic analysis in R”. Bioinformatics. 27 (4): 592–3. februarie 2011. doi:10.1093/bioinformatics/btq706. PMC 3035803 . PMID 21169378.
- ^ „Phybase: an R package for species tree analysis”. Bioinformatics. 26 (7): 962–3. aprilie 2010. doi:10.1093/bioinformatics/btq062. PMID 20156990.
