Filogenia presupune, pe baza ipotezelor cuprinse în Teoria evoluției faptul că unele plante actuale își au originea în altele, mai vechi, acum dispărute. Din nefericire pentru evoluționiști există câteva probleme...

  • Nu s-a putut dovedi până acum nici o trecere de la o specie la altă specie, nici în regnul vegetal, nici în cel animal; deci, toate variantele de filogenie (vegetală sau animală) se bazează pe ipoteza adevărului evoluției, de la care pornesc alte ipoteze privind felul în care ea ar trebui să se desfășoare.
  • Din pricina motivelor de la pct.1, nu s-a putut organiza un sistem filogenetic unitar; feluriți evoluționiști și grupări evoluționiste susțin variante diferite de Filogenie vegetală și animală; în toate cazurile structurile sunt create pe baza părerilor privind asemănarea mai mare sau mai mică între organismele studiate.