GENCODE
GENCODE | |
Autor inițial | Harrow J, et al [1] |
---|---|
Dezvoltator | Institutul Sanger |
Versiune inițială | 2012 |
Licență | Open Access |
Prezență online | |
www.gencodegenes.org | |
Modifică date / text |
GENCODE este un proiect științific în cercetarea genomică, parte a ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements - Enciclopedia elementelor ADN)
Consorțiul GENCODE a avut ca scop inițial identificarea și maparea tuturor genelor indexate în proiectul ENCODE și care codează proteine (aproximativ 1% din genomul uman). [2] Datorită succesului inițial al proiectului, GENCODE are acum ca scop construirea unei "Enciclopedii de gene și versiuni ale acestora", prin identificarea caracteristicilor genelor în genomurile oamenilor și ale șoarecilor. Acest obiectiv poate fi atins prin analize de calcul, adnotări manuale sau validări experimentale.[1]
Rezultatul va consta într-o listă de adnotări care va include toți loci care codează proteine, dar și splicingul alternativ,[3], ADN-ul necodificant [4] pentru care există dovezi de transcriere și pseudogenele.[5]
Referințe
modificare- ^ a b Harrow J, Frankish A, Gonzalez JM, Tapanari E, Diekhans M, Kokocinski F; et al. (). „GENCODE: the reference human genome annotation for The ENCODE Project”. Genome Res. 22 (9): 1760–74. doi:10.1101/gr.135350.111. PMC 3431492 . PMID 22955987.
- ^ Harrow J, Denoeud F, Frankish A, Reymond A, Chen CK, Chrast J; et al. (). „GENCODE: producing a reference annotation for ENCODE”. Genome Biol. 7 Suppl 1: S4.1–9. doi:10.1186/gb-2006-7-s1-s4. PMC 1810553 . PMID 16925838.
- ^ Frankish, A; Mudge, JM; Thomas, M; Harrow, J (). „The importance of identifying alternative splicing in vertebrate genome annotation”. Database : the journal of biological databases and curation. 2012: bas014. doi:10.1093/database/bas014. PMC 3308168 . PMID 22434846.
- ^ Derrien, T (). „The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: analysis of their gene structure, evolution, and expression”. Genome Research. 22 (9): 1775–89. doi:10.1101/gr.132159.111. PMC 3431493 . PMID 22955988.
- ^ Pei, B (). „The GENCODE pseudogene resource”. Genome Biology. 13 (9): R51. doi:10.1186/gb-2012-13-9-r51. PMC 3491395 . PMID 22951037.