Dintre primele 12 ligi clasate din CAF, câștigătoarea cupei locale și echipa clasată pe al treilea loc din primul eșalon sunt eligibile pentru a participa în Cupa Confederațiilor CAF, iar celelalte se pot califica doar prin câștigarea cupei respectivului stat.
Meciurile din preliminarii, șaisprezecimi și optimi se dispută în sistem eliminatoriu. Egalurile sunt decise de regula golului din deplasare pentru echipele în cauză.
Cele opt echipe eliminate din optimiile Ligii Campionilor CAF se califică automat în optimile Cupei Confederațiilor.
Cele opt echipe care se califică sunt împărțite în două grupe a câte 4 echipe. Fiecare va juca șase meciuri, câte trei acasă și trei în deplasare. Punctele sunt acordate în sistemul 3-1-0. În caz de egalitate se vor califica echipele cu golaverajul mai mare. Câștigătoarea grupei va juca cu locul secund din cealaltă. În caz de egelitate de goluri marcate în cele două semifinale, se bat lovituri de la 11 metri.
Competiția a fost fondată de CAF în 2004 prin unirea Cupei Cupelor Africii și Cupei CAF într-o singură competiție bazat pe modelul european al Cupei UEFA care a fost folosit și la crearea Cupei CAF în 1992.[2]