Polimorfism uninucleotidic

Polimorfismul uninucleotidic (single-nucleotide polymorphism în engleză, abreviat SNP și pronunțat snip) este o variație în secvența ADN-ului genomic ce interesează un singur nucleotid - A, T, C sau G - observată la doi indivizi diferiți ai unei specii sau pe cei doi cromozomi omologi ai unui individ. De exemplu, două secvențe de ADN provenind de la doi indivizi diferiți

Molecula de ADN 1 diferă de molecula de ADN 2 printr-o singură pereche de baze (polimorfism C/T).

A A G C C T A

A A G C T T A

conțin o diferență de un singur nucleotid. În acest caz există două alele: C și T. Aproape toate variațiile de tip SNP au numai două alele.

Frecvența acestui tip de polimorfism este de aproximativ o variație pentru 1.000 perechi de baze. SNP și variațiile numărului de copii (CNV pentru Copy Number Variation în engleză) reprezintă tipurile cele mai importante de variație întâlnite în genomul uman.

Clasificarea polimorfismelor uninucleotidice

Polimorfismele uninucleotidice pot fi clasificate după mai multe criterii:

• după frecvență :

• polimorfism comun,
• polimorfism rar.

Alela cu frecvența cea mai mică observată într-o populație este numită alelă minoră sau alelă derivată. Frecvența alelelor este variabilă de la o populație la alta, astfel încât un SNP poate fi frecvent (comun) într-o populație și cu frecvență mult mai redusă în altă populație.

• după localizarea față de regiunile codante:

• polimorfism codant, localizat în exonii genelor:

• sinonim, dacă nu modifică aminoacidul codificat (cel mai adeasea afectând al treilea nucleotid al codonului) ;
• non sinonim, dacă modifică aminoacidul codificat. Această modificare poate fi:

• nonpatogenă, dacă nu are efect fenotipic,
• patogenă, dacă determină alterarea funcției proteinei.

• polimorfism intronice, localizat în introni :

• făra efect funcțional,
• cu efect funcțional:

• polimorfisme afectând situsurile de matisare ale ARN-ului mesager și determinând sinteza de proteine nefuncționale,

• polimorfism în regiunile non codante ale ARN-ului mesager (regiunile 3’ și 5’ netraduse):

• făra efect funcțional,
• cu efect funcțional, polimorfisme ce pot afecta fie procesul de maturare a ARN-ului mesager, fie durata de viață a acestuia și pot determina modificarea cantității de proteine sintetizate.

• polimorfism regiunilor regulatoare (promotor, enhancer, silencer) care pot determina modificări ale nivelului transcripției genei (a cantității de ARN mesager sintetizat).
• polimorfism extragenice, la distantă de regiunile codante.

Baza de date dbSNP

Baza de date dbSNP este o bază de date ce referențiază variațiile uninucleotidice identificate la mai mult de 70 de specii de plante și animale. Aceste variații sunt clasificate în două categorii :

• variații trimise (în engleză Submitted SNPs), reprezentând observații originale, nevalidate de alte echipe de cercetători, și care sunt codificate sub forma ss# (de exemplu ss7355146) ;
• variații referențiate (în engleză Ref SNPs), regrupând variațiile identificate în mod independent în diferite laboratoare și care sunt codificate sub forma rs# (de exemplu rs6355146).

Note

Acest articol este o traducere parțială a articolelor Polymorphisme nucléotidique simple (în franceză) și Single-nucleotide polymorphism (în engleză).

Vezi și

International HapMap Project

dbSNP