Yoann este fiul lui Christian Gourcuff,[8], antrenorul celor de la FC Lorient, unde Yoann și-a început cariera. În 2001 el și-a urmat tatăl și a semnat cu Rennes. După ce a progresat de la grupele de juniori și a ajuns la echipa mare, Gourcuff a ajuns foarte repede unul dintre favoriții fanilor, iar realizările sale individule au atras atenția cluburilor din străinătate, care a dus la transferul său la AC Milan.[9] Deoarece nu a reușit să se impună în primul 11 a fost împrumutat în țara sa natală, la Bordeaux.[10] După un sezon plin de rezultate și realizări a semnat definitiv cu Bordeaux.[11] Stilul de joc și calitățile i-au adus comparația cu legenda Zinedine Zidane.[12]
Pe 23 august 2010, clubul francez Olympique Lyonnais a confirmat că a ajuns la o înțelegere cu Bordeaux pentru transferul lui Gourcuff. După ce a trecut cu succes vizita medicală, pe 24 august Gourcuff a semnat un contract pe termen cinci sezoane cu Lyon. Suma de transfer este 22 de milioane de euro, care va fi achitată în trei rate până pe 31 decembrie 2012.[13][14]