Cupa UEFA 2008-2009 a fost cea de-a cincizeci și una ediție a competiției de fotbalCupa UEFA. Finala s-a jucat la Istanbul, Turcia, în mai 2009, și a fost câștigată de FC Șahtior Donețk.
123 de echipe au participat în sezonul 2008-2009 al Cupei UEFA de la 53 de asociații UEFA. Fiecare asociație a avut un număr stabilit de echipe calificate în Cupa UEFA pe baza coeficientului UEFA, o asociație putând califica maxim patru echipe. mai jos este schema de calificare pentru Cupa UEFA 2008-09:
Asociațiile 1-6 au 3 echipe calificate;
Asociațiile 7-8 au 4 echipe calificate;
Asociațiile 9-15 au 2 echipe calificate;
Asociațiile 16-21 au 3 echipe calificate;
Asociațiile 22-37 și 39-50 au 2 echipe calificate;
Asociațiile 38,50,50 au 1 echipă calificată;
Asociația 53 are 2 echipe calificate.
plus
3 echipe din clasamentul UEFA Fair Play;
11 Câștigătoare din ultimul tur al Cupei UEFA Intertoto 2008;
16 Învinse în al treilea tur preliminar al Ligii Campionilor;
Deținătoarea trofeului;
8 echipe din Grupele Ligii Campionilor.
Turul 1 preliminar: (76 de echipe)
35 câștigătoare de cupă de la asociațiile 19-53;
32 echipe clasate pe locul doi de la asociațiile 19-37, 39-50 și 53;
6 echipe clasate pe locul trei de la asociațiile 16-21;
3 echipe din clasamentul UEFA Fair-Play.
Turul 2 preliminar: (64 de echipe)
37 de echipe învingătoare din Primul tur preliminar;
32 câștigătoare de cupă de la asociațiile 14-18;
7 echipe clasate pe locul trei de la asociațiile 9-15;
3 echipe clasate pe locul doi de la asociațiile 16-18;
32 de echipe s-au înscris în turneu în prima rundă, împreună cu cele 32 de câștigătoare din runda precedentă și cele 16 învinse din turul trei de calificare Liga Campionilor. Cele 80 de echipe au fost apoi împărțite în opt grupe a câte zece echipe; cinci echipe cap de serie și cinci echipe fără cap de serie. Tragerea la sorți s-a bazat pe clasamentul pe coeficienți, cu o singură excepție: nicio țară nu poate avea mai multe echipe într-o singură grupă. Echipele clasate pe locul 108 sau mai sus au fost cap de serie, la fel ca echipele neclasate din Anglia și Spania.
Tragerea la sorți, care a fost condusă de secretarul general al UEFA David Taylor, a avut loc vineri, 29 august 2008, la ora 13:00 CET în Monaco. Meciurile s-au jucat pe 18 septembrie și 2 octombrie 2008.